Нуклеотиды и нуклеозиды

С помощью программы ChemSketch были изображены структуры следующих нуклеотидов:

2'-дезоксигуанозиндифосфат
2'-дезокситимидинмонофосфат

и следующих нуклеозидов (встречаются обычно в РНК, а потому пентоза представлена рибозой):

уридин
псевдоуридин - не имеет N-гликозидной связи (см. рис. 1)

Рис.1 Нуклеотиды (сверху) и нуклеозиды (снизу). Цифрами обозначена нумерация атомов углерода.

Фрагмент ДНК

В программе ChemSketch было воспроизведено изображение фрагмента двухцепочечной ДНК, приведённое в презентации на слайде №12. Полученное изображение представлено на рисунке 2:

Рис.2 Фрагмент ДНК. Стрелками показано направление цепей, пунктирными линиями - водородные связи.

Пары нуклеотидов

Помимо канонических Уотсон-Криковских пар нуклеотидов в ДНК могут встречаться также и неканонические пары. На примере тимина рассмотрим такие теоретически возможные пары (пояснения на рисунках):

Канонические и хугстиновские пары нуклеотидов представлены на рисунке 3

Рис.3 Каноническая и хугстиновские пары, пунктирными линиями обозначены водородные связи.
Возможные варианты соединения тимина самим с собой изображены на рисунке 4

Рис.4 Пары двух тиминов, пунктирными линиями обозначены водородные связи.
С помощью рисунка 5 отображены возможные (не все) пары тимина с оставшимися нуклеотидами:

Рис.5 Неканонические пары, пунктирными линиями обозначены водородные связи.

Подобные неканонические пары возникают, когда цепочка нуклеотидов перестаёт быть линейной. Так, в РНК они распространены при образовании вторичной структуры молекулы, а в ДНК встречаются, например, при образовании петель.

Более подробно ознакомиться с результатами можно с помощью файла в формате .sk2 (ChemSketch 2.0 document)